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佐潟では、合計117科634種の植物が記録されており、周辺湿地部は主にヨシ群落、水域はハスやヒシの群落が発達しています。1997年以降の調査から、沈水植物の種類の減少が指摘されており、要因として透明度の低下や底質の変化が指摘されています。
佐潟には、オニバスやミズアオイといった絶滅のおそれのある植物も生育しています。それらの多くはエコトーン（移行帯）といわれる陸から浅い水域を生育環境とする種であり、佐潟の水辺環境の特徴が感じられるものとなっています。
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佐潟は、ガンカモ類を中心とした渡り鳥の越冬地として知られ、代表的な水鳥としてコハクチョウ、マガモ、コガモなどが挙げられます。コハクチョウなどの多くのガンカモ類は冬に訪れ、潟を休息地としながら、採食地である周辺水田と行き来する生活を行います。また、佐潟は湧水により水温が比較的高いことから凍結しにくく、県内外の他の湖沼が凍結してしまうような場合には、佐潟が避難場所として利用されているようで、近年では2万羽を超えるガンカモ類が観察されることもあります。
湖面の他にも、オオタカなどのワシタカ類や、春から夏にかけてヨシ原に生息するオオヨシキリなども含め、佐潟では207種の鳥類が記録されています。
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佐潟は、日本海にほど近い砂丘列間に位置し、周囲を海抜約15〜40メートルの砂山に囲まれています。その斜面にはクロマツなどが点在し、スイカやダイコンなどが作付けされる畑が広がっています。陸地から佐潟の水辺にかけての移行帯には、植栽されたアカマツやクロマツの群落、タブノキやオニグルミなどが自生する林地、ヨシやヤナギの群落などがあり、水際近くにはショウブやマコモなども生えています。また、水域のハスやヒシなどの植物の生産性は高く、これらの遺骸が潟底の堆積物の増加につながることにより、潟の中で生息する貝類や魚類にも影響を与える可能性が示唆されています。
このように、佐潟では人間も含めた多様な生物が相互に関係しあうことで、その自然環境が成り立っています。将来にわたって佐潟の自然環境が保たれるよう、人間もその構成員として上手に関わりあうため、保全と持続的な利用について理解することが重要です。
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